Sem o conhecimento interino do processo, é dificil saber qual procedimento a se tomado. Uma posição a ser tomada é analisar o regimento interno do Tribunal, o qual o processo está vinculado.
Em face ao que constar no regimento, você pode requerer a anulação do acórdão proferido, pelo fato de terem omitido as suas contra-razões.
Dependendo do regimento existente, e se estiver dentro do prazo, você pode entrar com recurso de Embargo de Declaração, onde será requerida a revisão do acórdão e nela você poderá questionar a decisão, podendo a mesma ser totalmente alterada.
Já que não tenho acesso aos autos, isso é o que eu posso fazer para ajudar você. Espero ter ajudado.
Atc, Patrese Prado