Ana Paula;
Como vc teve dois filhos com a menina de 13 anos?
Porém vamos lá, neste caso não acredito que se caracterize em estupro presumido, uma vez que, havia um relacionamento mútuo, onde vcs foram morar juntos (as) sei lá, assim sendo, ocerre certa relativisação afastando a presunção de violência.
Se as crianças estão registradas em seu nome, fica mais fácil, ou seja, basta que voce compareça em juízo requerendo a homologação do feito, onde ela será intimada a comparecer, establecendo assim a guarda dos menores, como também, os alimentos para as mesmas.