Creio que no caso em tela só caberá a execução de todo o contrato, por meio de ação judicial. Mas você deve ficar atenta com quem foi feito o contrato, e contra quem você irá demandar, tendo em vista a competência. existem 3 hipóteses:
1) contra o municipio: justiça estadual
2) contra municipio e CEF: justiça federal
3) contra CEF: Justiça federal
Analise bem o contrato e veja de quem é a responsabilidade do pagamento e se existe responsabilidade solidaria. Espero ter ajudado.