Cheques são titulos pro solvendo, ou seja, que não resolvem a dívida, mas sim, uma promessa de pagamento, onde o aceitante acredita na idoneidade do emitente.
Nestes termos, se a escolha de pagamento foi em cheque, e o recebimento do mesmo é na boca do caixa, acredito haver a necessidade de liberar o empregado, em horário bancário, para tanto.
Não existe lei que fale isto, estou passando entendimento pro laboratore.
Pagamento é contraprestação obrigatória pelo trabalho, seja ele in natura, em pecúnia, etc. O problema, aí, é definir o cheque.